מהלך הלימודים
לימודי הדוקטורט נחלקים לשני שלבים.
שלב א'
בשלב הראשון רוכשים הסטודנטים כלים מקצועיים לביצוע המחקר (הכשרה דיסציפלינארית, מתודולוגית ולשונית), ומגבשים נושא לעבודת המחקר שלהם. בתום שלב זה, התלמידים מגישים הצעת מחקר לאישור הוועדה לתלמידי מחקר של ביה"ס. אחרי אישור הוועדה נשלחת ההצעה לשיפוט של מומחים בתחום מחוץ לאוניברסיטה. לאחר מכן מאשרת הוועדה האוניברסיטאית לתלמידי מחקר את ההצעה.
שלב ב'
בשלב השני חוקרים התלמידים את הנושא הנבחר וכותבים את עבודת הדוקטורט בהנחייה של אחד או יותר ממורי ביה"ס. התלמידים אוספים את החומר הנדרש כדי להשיב עליה ומגישים עבודה. העבודה עוברת שיפוט ועם אישורה יזכו בתואר דוקטור. התקופה הקצובה להשלמת כתיבת העבודה היא חמש (5) שנים ממועד תחילת הלימודים. ועדות תלמידי המחקר תאשרנה ארכה מעבר למועד זה, במקרים חריגים בלבד.
חובות הלימודים בנוסף לעבודת המחקר
מעבר למחקר המקורי נדרשים הדוקטורנטים לעמוד במספר חובות. עליהם להשתתף בשמונה (8) שעות לימוד סמסטריאליות במהלך לימודיהם:
* סמינר הדוקטורנטים של בית הספר (סה"כ 4 ש"ס)
* סמינר נוסף (4 ש"ס) מתוך סמינרי ה-מ.א. בבית הספר שרלוונטי לתחום המחקר שלהם ובהתאם לייעוץ של המנחה ובאישור בית הספר.
זוהי תוכנית המינימום שמושטת על כל הדוקטורנטים. דוקטורנטים שטרם רכשו ידיעה בשפה זרה נוספת (מעבר לאנגלית), יידרשו ללמוד אותה, בהתאם לנושא המחקר. המנחים ובית הספר עשויים להציג דרישות נוספות לפי צרכי המחקר הספציפיים.
לצד החובות הרשמיות לקורסים, תוכנית הלימודים בבית הספר להיסטוריה כוללת מגוון פעילויות אקדמיות וציבוריות: כנסים, סדנאות, סיורים לימודיים, ועוד. בית הספר מעודד את תלמידי הדוקטורט להצטרף לפעילויות הללו ולסייע בעיצוב סביבה אקדמית מפרה. במהלך הלימודים בשני השלבים, על הסטודנטים להגיש דוחות התקדמות תקופתיים.
לימודי השלמה
תלמידים שאינם בעלי תואר מ"א מחקרי או שהכשרתם האקדמית היא בתחומים אחרים מתחום הדוקטורט המיועד נדרשים ללימודי השלמה. נקבעת להם תוכנית אישית בשיתוף עם המנחה ובאישור בית הספר. במסגרת זו יהיה עליהם גם לכתוב עבודה שוות ערך לתיזה. יש לסיים את לימודי ההשלמה תוך שנתיים בציונים הנדרשים.
המסלול הישיר לדוקטורט
המסלול הישיר ללימודים לתואר ד"ר מיועד לתלמידי תואר שני מצטיינים שניתן לפטור אותם, על סמך כישורים מוכחים, מחובת כתיבת עבודת גמר ברמת מ"א ומקרוב ל-30% ממכסת שעות הלימוד לתואר זה. מסלול הלימודים שלהם בבית הספר יכלול שלב מקדמי של קורסים, בהתאם לתוכנית אישית שנקבעת בידי המנחה ומאושרת על-ידי בית הספר, ובחינת כשירות. הבחינה תיערך בעל-פה, תבדוק את ידיעותיהם של המועמדים בתחום ההתמחות שלהם, ותקיף נושאים הקשורים לתוכנית המחקר המוצעת על-ידם. עברו הסטודנטים בהצלחה את הבחינה, יתקבלו כדוקטורנטים בשלב א'.