פעילויות בית הספר
1. בית הספר אחראי על תכניות ההוראה בחוגים השונים בתואר הראשון והשני ועוסק בעידוד המחקר בקרב הסגל בכל החוגים.
2. בית הספר מרכז את מערך הקבלה והלימודים לתואר השלישי במדעי היהדות ובארכיאולוגיה ובמסגרתו פועלת הוועדה לתלמידי מחקר המפקחת על קבלת התלמידים ועל מהלך לימודיהם מתחילתם ועד להגשת הדיסרטציה וקבלת התואר "דוקטור לפילוסופיה". נכון לסוף שנה"ל תשפ"א רשומים בבית-הספר יותר מ 150 דוקטורנטים.
3. פרסומים מדעיים: מאז ייסודו של בית הספר יצאו לאור במסגרתו כ- 400 כותרים בעברית ובאנגלית, ובהם מחקרים מדעיים בתחומים השונים של מדעי היהדות.
4. "תעודה" היא השנתון המדעי של ביה"ס, המתפרסם בעברית (בצירוף תקצירי המאמרים באנגלית) מאז שנת תש"ם (1980). עד כה יצאו במסגרת "תעודה" 31 כרכים, המוקדשים למחקרים בתחומי היהדות השונים. אופיו של כל כרך נקבע על ידי המערכת מדי שנה בשנה.
5.כנסים מדעיים וימי עיון: בית הספר עורך כנסים וימי עיון מדעיים פנימיים, ארציים ובין-לאומיים ביזמת החוגים, מכוני המחקר, הקתדרות והמרכזים שליד בית הספר. החל משנת תשע"ח, עורך בית הספר אירוע "טד" שנתי שבו מציגים דוקטורנטים מצטיינים את מחקריהם. כן נערך פורום של סדרת הרצאות מרכזית, "בימת החוקר", המיועד לציבור הרחב המשכיל. ההרצאות מתקיימות אחת לשבוע, בימי ג' בשעה 16:00, במשך כל שנת הלימודים.
מכוני מחקר ומרכזי מחקר
המרכז לחקר התפוצות ע"ש גולדשטיין-גורן
המכון לחקר הציונות ע"ש חיים וייצמן
המרכז לחקר הספרות והתרבות העברית ע"ש לאורה שוורץ-קיפ
המכון לארכיאולוגיה ע"ש סוניה ומרקו נדלר
המכון לחקר תולדות יהדות פולין ויחסי ישראל-פולין
המכון לחקר העיתונות והתקשורת היהודית ע"ש שלום רוזנפלד
קתדרות
קתדרת סלוניקי להיסטוריה ותרבות של יהודי יוון;
הקתדרה לתרבות היהודים בארצות האסלאם ולחקר הגניזה ע"ש יוסף וסיל מייזר;
הקתדרה להיסטוריה של יהדות אירופה ע"ש קרן משפחת אברהם ואדיטה שפיגל;
הקתדרה למדעי היהדות ע"ש סר איזיק וולפסון;
הקתדרה לחקר השואה ע"ש בנימין וחיה שפלסקי;
הקתדרה לתרבות עם ישראל בזמננו ע"ש יעקב ושושנה שרייבר;
הקתדרה לחקר הציונות ע"ש ד"ר ראובן מרנפלד;
הקתדרה לתרבות ישראל וספרותה ע"ש יעקב ושושנה שרייבר;
הקתדרה לחקר תולדות יהדות רוסיה ע"ש צבי ברגר ושרה ברגר ז"ל;
קתדרת אוסטריה לארכיאולוגיה של ארץ ישראל בתקופת המקרא;
הקתדרה לארכיאולוגיה של ארץ ישראל בתקופת הברונזה והברזל ע"ש יעקב אלקובי;
הקתדרה לתולדות היהודים בעולם העתיק ע"ש יעקב אלקובי.